Η Άννα Μαρκοπούλου σπούδασε στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και στο Τμήμα Επιστημών της Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Σορβόννης, Paris V René Descartes, όπου το 1994 ολοκλήρωσε το διδακτορικό της. Κατά τη διάρκεια της διδακτορικής της έρευνας, εργάστηκε στον τομέα της Κοινωνιολογίας της Εκπαίδευσης ως μέλος μιας Ερευνητικής Ομάδας στο εργαστήριο της Γαλλικής Εθνικής Ίδρυσης Επιστημονικής Έρευνας (C.N.R.S.). Έχει διδάξει Φιλοσοφία της Εκπαίδευσης και Παιδαγωγική Θεωρία στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και στη Σχολή Παιδαγωγικής και Τεχνολογικής Εκπαίδευσης (ΑΣΠΑΙΤΕ) στην Αθήνα.

Από το 2008, η έρευνά της επικεντρώνεται στην αρχαία ελληνική φιλοσοφία, με έμφαση στην Πλατωνική και Νεοπλατωνική φιλοσοφία. Από το 2015 είναι τακτικό μέλος της Ελληνικής Φιλοσοφικής Εταιρείας και από το 2021, τακτικό μέλος της Διεθνούς Πλατωνικής Εταιρείας. Από το 2017 μέχρι σήμερα, συμμετέχει σε σειρά διεθνών συνεδρίων με γενικό τίτλο «Beyond Humanism Conferences» πάνω σε θέματα σχετικά με την αρχαία ελληνική φιλοσοφία (περισσότερες πληροφορίες: http://beyondhumanism.org). Από τον Απρίλιο του 2023 είναι Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια στη Φιλοσοφία στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου (Τμήμα Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας).